Bio4j 生物信息学图数据库开源项目

我要开发同款
匿名用户2011年12月09日
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技术信息

开源地址
https://github.com/bio4j/Bio4j
授权协议
AGPL

作品详情

Bio4j是一个基于生物信息学图的数据库,包括UiProtKB(SwissProt+Trembl),基因本体论(GO)的,UiRef(50,90,100)的RefSeq,和NCBI分类中的大多数数据。

Bio4j看起来有些吓人,所有这些存储库都具有类似的名称。

bio4j/bio4j在此存储库bio4j/bio4j中,您将找到通用的Bio4j模型和API。使用类型化的属性图模型对实体,关系及其属性进行建模。例如,存在Protei或的顶点类型GoTerm,以及GoAotatio从Protei到的边类型GoTerm。该曲线图的模式被分离成不同的图形中,对应于不同的数据源(UiProt,Go,UiRef,...)和连接在它们之间(UiProtGo,UiProtUiRef,...)。

该API基于bio4j/agulillos,使您可以在此图模式上编写泛型类型的遍历:

protei.uiref50Member_outV().map(UiRef50Cluster::uiRef50Member_iV).map(prts->prts.map(Protei::goAotatio_outV));稍后可以在特定的后端上执行。

功能介绍

Bio4j是一个基于生物信息学图的数据库,包括UniProt KB(SwissProt+ Trembl),基因本体论(GO)的,UniRef(50,90,100)的RefSeq,和NCBI分类中...

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