很多生信实验室、医检所在处理基因数据时，大部分都是样本下机后，生信数据由实验室人员手动的在服务器上执行脚本，并得到vcf数据，然后再由解读人员手动的（excel）进行解读，然后出具报告。中间的各个环境，要么是独立的信息系统在管理，要么就是干脆没有，特别是生信处理这一块。尽管有一些客户的HPC集群中有调度程序，但是生信人员依旧要手动的维护生信工具、执行命令、将结果复制到指定的存储中。
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慧因SaaS-基因云产品系统
我要开发同款技术信息
作品详情
行业场景
功能介绍
提供了从样品、实验室管理、下机数据、数据预处理、注释、报告的整站方案，本产品在疫情期间（末期），为武汉、成都多家医检所，提供了快速的采样、入库、分析、上报的服务。
项目实现
本产品最开始是基于hadoop环境，我负责设计流程方案，并针对流程，基于yarn封装，以实现将流程定义的各个任务投递到hadoop集群。中间也经历了很多版本后，现在运行在k8s环境。
1.负责kubernetes环境规划、实施；
2. java侧到kubernetes环境的封装；
3.Toil （python）、cromwell (scala)等源码修改，使其支持云环境如：阿里云、华为云、Nas的存储设计；
4.设计了注释框架、报告框架，并指导生信人员完成开发，以解读基因数据，生成针对特定疾病的报告。
5. 生信工具kubernetes服务化功能的设计开发；
示例图片
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