基于 De Bruijin Graph 的基因组快速测序组装算法

2014 年在威斯康辛大学麦迪逊分校做生物信息访问学者时完成的项目，一种快速的基因组测序组装算法。
基于 De Bruijn graph 的组装算法:Velvet(Pair-End 序列)，Allpath-LG(Mate-Pair 序列)，以及种系发生树分析：MEGA 生成种系发生树，PAML dn/ds 参数估计，基因非同义突变率逻辑斯蒂回归分析。
发表论文：Baker E, Wang B, et al. The GenomeSequence of Saccharomyces eubayanus and the Domestication of Lager-BrewingYeasts. Molecular Biology and Evolution. 2015;32(11):2818-2831.